در فیلم جاسوس سیاه یک سرباز معمولی به نام جان درگیر یک برنامه آزمایشی فوق سری می‌شود. این برنامه تحت پوشش افزایش توانایی‌های رزمی جان، او را به یک سلاح زنده مرگبار تبدیل می‌کند. حال همانطور که جان به عمق این پروژه پی می‌برد، حقیقت هولناکی را در پشت اهداف تاریک خالقش کشف می‌کند. اکنون جان که مصمم به انتقام است، از چنگال اسیرکنندگانش فرار کرده و در حالی که در شبکه خطرناکی از خیانت و توطئه حرکت می‌کند، مأموریتی دشوار را برای از بین بردن برنامه‌های آن‌ها آغاز می‌کند و…